블랙 펄의 저주는 사라졌지만, 대신 그보다 더 끔찍한 재앙이 잭과 그의 선원들을 기다리고 있다. 사실 잭은 바다의 지배자이자 유령선 ‘플라잉 더치맨’ 호의 선장인 데비 존스에게 생명의 빚을 지고 있었던 것. 잭이 특유의 약삭빠른 수법으로 이 계약에서 벗어날 묘수를 찾지 않는 한, 그는 꼼짝없이 존스의 노예가 되어 ‘플라잉 더치맨’호에서 백년간 복역해야 할 운명에 처한다. 이런 상황 때문에 엘리자베스와 윌은 잭의 위험천만한 모험에 또 다시 엮이게 된다. 그리고 이들 앞엔 무서운 바다 괴물 크라켄과 식인종 원주민들, 점쟁이 티아 달마, 오래 전에 헤어진 윌의 아버지 부스트랩 빌 등이 기다리고 있는데….